Cáncer colorrectal. Variantes génicas en la vía de señalización BMP y ancestría en población mexicana / Colorectal cancer. Genetic variants in BMP signaling pathway and ancestry in the Mexican population

Resumen Introducción: Variantes génicas relacionadas con la vía de señalización de las proteínas morfogenéticas óseas (BMP2, BMP4, GREM1, SMAD7) se han asociado a cáncer colorrectal, principalmente en poblaciones caucásicas. Objetivo: Describir la asociación de variantes en miembros de la vía BMP en población mexicana, caracterizada por su ancestría indoamericana y caucásica. Métodos: Se realizó el genotipado de 1000 casos de cáncer colorrectal y 1043 individuos de control reclutados en la Ciudad de México, Monterrey y Torreón mediante la plataforma Sequenom. Con análisis univariados y multivariados se estudiaron las asociaciones entre cáncer colorrectal y variantes. Resultados: Las variantes rs4444235, rs12953717 y rs4939827 replicaron la asociación con la neoplasia (p ≤ 0.05). La ascendencia caucásica mostró asociación con el tumor. Conclusiones: El estudio mostró las asociaciones entre cáncer colorrectal y las variantes SMAD7 y BMP4, así como con el componente caucásico de la mezcla étnica.

Abstract Introduction: Genetic variants related to bone morphogenetic proteins (BMP2, BMP4, GREM1, SMAD7) signaling pathway have been associated with colorectal cancer, mainly in Caucasian populations. Objective: To describe the association of variants in members of the BMP signaling pathway in a Mexican population, characterized by its indigenous American and Caucasian ancestry. Methods: Genotyping of 1,000 colorectal cancer cases and 1,043 control individuals recruited in Mexico City, Monterrey, and Torreón was carried out using the Sequenom platform. Associations between colorectal cancer and variants were studied with univariate and multivariate analyses. Results: Variants rs4444235, rs12953717 and rs4939827 replicated the association with the neoplasm (p ≤ 0.05). Caucasian ancestry showed association with the tumor. Conclusions: The study replicated the associations between colorectal cancer and SMAD7 and BMP4 variants, with an association being observed with the Caucasian component of the ethnic mix.

Identificación bioinformática de Polimorfismos de Nucleótido Simple (PNSs) en genes candidatos para las características de la fibra en alpacas (Vicugna pacos) / Bioinformatic identification of Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) in candidate genes for fiber characteristics in alpacas (Vicugna pacos)

El objetivo fue identificar y predecir la ubicación de polimorfismos de nucleótido simple (PNSs) en genes relacionados al crecimiento de la fibra. Se realizó el estudio con un total de 31 genes de queratina (KRT9, KRT12, KRT13, KRT14, KRT16, KRT18, KRT20, KRT25, KRT1, KRT3, KRT5, KRT6a, KRT6b, KRT6c, KRT7, KRT8, KRT71, KRT80, KRT31, KRT32, KIRT40, KRT81, KRT82, KRT10, KRT15, KRT17, KRT19, KRT2, KRT4, KRT79 y KRT83) asociados con las características de lana, fibra y pelo en ovinos, cabras y humanos respectivamente, cuyas secuencias fueron encontradas en la base de datos del National Center for Biotechnology Information (NCBI). Mediante el uso de bases de datos y herramientas bioinformáticas como el Conserved Domains Database, Spling, y MegaBlast se logró ubicar secuencias únicas para cada gen. Estas secuencias fueron comparadas con los genomas de referencia Vicugna_pacos-2.0.2 y Vi_pacos_V1.0. Se identificaron 48 PNSs ubicados en las regiones intrónicas y exónicas de 22 genes. No se localizaron PNSs en o alrededor de los genes KRT10, KRT15, KRT17, KRT19, KRT2, KRT4, KRT6b, KRT6c y KRT79. El análisis comparativo entre las cuatro especies estudiadas permitió observar que los genes KRT81, KRT6b y KRT6c no están presentes en los genomas de referencia de alpaca, los genes KRT31, KRT14, KRT81, KRT83, KRT6b y KRT6c no están presentes en el genoma de referencia de ovino y los genes KRT31, KRT13, KRT81, KRT83, KRT6b y KRT6c no están presentes en el genoma de referencia de cabra.

The objective was to identify and predict the location of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in genes related to fiber growth. The study was carried out with 31 keratin genes (KRT9, KRT12, KRT13, KRT14, KRT16, KRT18, KRT20, KRT25, KRT1, KRT3, KRT5, KRT6a, KRT6b, KRT6c, KRT7, KRT8, KRT71, KRT80, KRT31, KRT32, KIRT40, KRT81, KRT82, KRT10, KRT15, KRT17, KRT19, KRT2, KRT4, KRT79 y KRT83) associated with wool, fiber and hair characteristics in sheep, goat and human, respectively. These gene sequences were retrieved from the National Center for Biotechnology Information (NCBI) database. Using databases and bioinformatics tools such as the Conserved Domains database, Spling and Megablast, unique sequences for each gene were identified. These sequences were compared to the reference genomes: Vicugna_pacos-2.0.2 and Vi_pacos_V1.0 to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs). In this manner, 48 SNPs were identified and localized in both intronic and exonic regions of 22 genes. We did not identify SNPs for KRT10, KRT15, KRT17, KRT19, KRT2, KRT4, KRT6b, KRT6c and KRT79. Comparative analysis among the four species studied allow to identify that sequences for KRT81, KRT6b and KRT6c genes are not present in the alpaca reference genomes. Similarly, genes KRT31, KRT14, KRT81, KRT83, KRT6b and KRT6c are not present in the ovine reference genome and, genes KRT31, KRT13, KRT81, KRT83, KRT6b and KRT6c are not present in the goat reference genome.

Identifying signatures of recent selection in Holstein cattle in the Tropic / Identificación de señales de selección reciente en ganado Holstein en el trópico / Identificação de sinais de seleção recente no gado Holandês no trópico

Abstract Background: Holstein cattle have undergone strong selection processes in the world. These selection signatures can be recognized and utilized to identify regions of the genome that are important for milk yield. Objective: To identify recent selection signatures in Holstein from the Province of Antioquia (Colombia), using the integrated haplotype score (iHS) methodology. Methods: Blood or semen was extracted from 150 animals with a commercial kit. The animals were genotyped with the BovineLD chip (6909 SNPs). The editing process was carried out while preserving the loci whose minor allele frequency (MAF) was greater than 0.05. In addition, genotypes with Mendelian errors were discarded using R and PLINK v1.07 software programs. Furthermore, the extended haplotype homozygosity (EHH), iHS and the p-value were determined with the "rehh" package of R language. Results: The minor allele frequencies showed a tendency toward intermediate frequency alleles. In total, 144 focal markers were significant (p<0.001) for selection signatures. Some chromosomes showed a greater number of signatures than others. Many of the variants were found inside genes, although they were in intronic regions. Some important regions were associated with genes TRAPPC12, PANK3, ZNF16, OPLA and DPYSL4, which are related with cellular transport, excretion or metabolism. Conclusion: Identifying signatures of selection using the iHS method made it possible to determine some important regions for selection in Holstein cattle in the high tropics, some of which had been previously reported to be associated with quantitative traits loci (QTLs).

Resumen Antecedentes: El ganado Holstein ha sido sometido a procesos fuertes de selección en el mundo. Estas señales de selección pueden ser reconocidas y utilizadas para identificar regiones del genoma importantes para la producción de leche. Objetivo: Identificar señales de selección recientes en ganado Holstein de la Provincia de Antioquia (Colombia), mediante la metodología de puntaje haplotípico integrado (iHS). Métodos: A 150 animales se les extrajo DNA de sangre o semen mediante un kit comercial y posteriormente se genotiparon los animales con el chip BovineLD (6909 SNPs). Se realizó edición conservando los loci con frecuencia del alelo menor (MAF) superior a 0,05. Además, se descartaron los genotipos con errores mendelianos, usando el software R y PLINK v1.07. La determinación de la homocigosidad haplotípica extendida (EHH), iHS y el valor p se realizó utilizando el paquete "rehh" de R. Resultados: Las frecuencias del alelo menor mostraron una tendencia hacia alelos de frecuencias intermedias. En total, 144 marcadores focales fueron significativos (p<0,001) para las señales de selección. Algunos cromosomas presentaron mayor número de señales de selección que otros. Muchas de las variantes focales se encontraron al interior de genes, aunque comúnmente en regiones intrónicas. Algunas de las regiones importantes estuvieron asociadas con genes como TRAPPC12, PANK3, ZNF16, OPLA y DPYSL4 que en general se encuentran asociados con funciones relacionadas con el transporte, excreción o metabolismo celular. Conclusión: La identificación de señales de selección usando el método iHS permitió determinar algunas regiones importantes para la selección en ganado Holstein del trópico alto, algunas de las cuales han sido previamente reportadas por su asociación a loci de características cuantitativas (QTLs).

Resumo Antecedentes: O gado holandês tem sido objeto de processos de seleção fortes no mundo. Estes sinais de seleção podem ser reconhecidos e utilizados para identificar regiões do genoma importantes para a produção de leite. Objetivo: Identificar sinais de seleção recente em gado Holandês de la Província de Antioquia (Colômbia), através da metodologia de pontuação haplotípica integrada (iHS). Métodos: Foram usados 150 animais para a extração de DNA a partir de sangre ou sêmen usando kit comercial, os animais foram posteriormente genotipados com o chip BovineLD (6909 SNPs). A edição foi feita mantendo os loci com frequência do alelo menor (MAF) de 0,05; além disso, genótipos com erros mendelianos foram descartados usando o programa R e PLINK v1.07. A determinação da homozigosidade haplotípica estendida (EHH), iHS e valor p foi realizada utilizando o pacote estatístico R "reeh". Resultados: As frequências do alelo menor mostraram uma tendência inclinada a frequências intermédias. No total, 144 marcadores focais foram significativos (p<0,001) para os sinais de seleção. Alguns cromossomos apresentaram mais numero de sinais de seleção que outros. Muitas dos variantes focais foram encontradas dentro dos genes, embora comumente em regiões intrônicas. Algumas das regiões importantes foram associadas com genes como TRAPPC12, PANK3, ZNF16, OPLA e DPYSL4 que geralmente estão associadas a funções relacionadas com o transporte, a excreção ou metabolismo celular. Conclusão: A identificação de sinais de seleção usando o método iHS permitiu determinar algumas regiões importantes para a seleção no gado holandês do tropico alto, algumas destas regiões foram previamente relatados por sua associação com loci de características quantitativas (QTLs).

Frequency of common polymorphisms in Caveolin 1 (CAV1) gene in adults with high serum triglycerides from Colombian Caribbean Coast / Frecuencia de polimorfismos comunes en el gen de Caveolina 1 (CAV1) en adultos con hipertrigliceridemia en el Caribe Colombiano

Abstract Background: Caveolin 1 gene (CAV1) has been associated with insulin resistance, metabolic syndrome and hypertension in humans. Also, it has been related to high serum triglycerides in rodents, however there is little evidence of this relation in humans. Aim: To describe frequencies of common variations in CAV1 in adults with high serum triglycerides. Methods: A case-control study was carried out with adults from Colombian Caribbean Coast. A whole blood sample was employed to measure serum concentrations of triglycerides, glucose, total cholesterol and HDLc. Six common Single Nucleotide Polymorphism (SNP) in CAV1 were genotyped (rs926198, rs3779512, rs10270569, rs11773845, rs7804372 and rs1049337). Allelic and genotypic frequencies were determined by direct count and Hardy-Weinberg Equilibrium (HWE) was assessed. Case and control groups were compared with null-hypothesis tests. Results: A total of 220 cases and 220 controls were included. For rs3779512 an excess in homozygotes frequency was found within case group (40.4% (GG), 41.3% (GT) and 18.1% (TT); Fis=0.13, p=0.03). Another homozygotes excess among case group was found in rs7804372 (59.5% (TT), 32.3% (TA) and 8.2% (AA); Fis= 0.12, p= 0.04). In rs1049337, cases also showed an excess in homozygotes frequency (52.7% (CC), 35.0% (CT) and 12.3% (TT); Fis= 0.16, p= 0.01). Finally, for rs1049337 there were differences in genotype distribution between case and control groups (p <0.05). Conclusion: An increased frequency of homozygote genotypes was found in subjects with high serum triglycerides. These findings suggest that minor alleles for SNPs rs3779512, rs7804372 and rs1049337 might be associated to higher risk of hypertriglyceridemia.

Resumen Introducción: En humanos, el gen Caveolina 1 (CAV1) ha sido asociado con resistencia a la insulina, síndrome metabólico e hipertensión. Además, ha sido relacionado con hipertrigliceridemia en roedores, sin embargo existe poca evidencia de esta relación en humanos. Objetivo: Describir la frecuencia de variaciones comunes del gen CAV1 en adultos con hipertrigliceridemia. Métodos: Se realizó un estudio de casos y controles con adultos del Caribe Colombiano. Fue usada una muestra de sangre venosa periférica para medir las concentraciones séricas de triglicéridos, glucosa, colesterol total y colesterol HDL. Fueron genotipificados seis Polimorfismos de Nucleótido Simple (SNP) en CAV1 (rs926198, rs3779512, rs10270569, rs11773845, rs7804372 y rs1049337). Las frecuencias alélicas y genotípicas se determinaron por conteo directo y se evaluó el equilibrio de Hardy-Weinberg. Los grupos de casos y controles se compararon con pruebas de hipótesis nula. Resultados: Se incluyeron un total de 220 casos y 220 controles. Para rs3779512 se encontró un exceso de homocigotos en el grupo de casos (40.4% (GG), 41.3% (GT) y 18.1% (TT); Fis= 0.13, p= 0.03). Fue encontrado otro exceso de homocigotos en el grupo de casos al analizar el rs7804372 (59.5% (TT), 32.3% (TA) y 8.2% (AA); Fis= 0.12, p= 0.04). En rs1049337, los casos también tuvieron un exceso en la frecuencia de homocigotos (52.7% (CC), 35.0% (CT) y 12.3% (TT); Fis= 0.16, p= 0.01). Finalmente, hubo diferencias en la distribución genotípica del rs1049337 entre los grupos de casos y controles (p <0.05). Conclusiones: Se encontró una elevada frecuencia de homocigotos en los sujetos con hipertrigliceridemia. Estos hallazgos sugieren que los alelos menores de los SNPs rs3779512, rs7804372 y rs1049337 podrían estar asociados con trigliceridemia elevada.

Polymorphisms of the lipoprotein lipase gene as genetic markers for stroke in colombian population: a case control study / Polimorfismos en el gen lipoproteína lipasa como marcadores genéticos para enfermedad cerebrovascular en la población colombiana: estudio de casos y controles

Abstract Objective: To analyze if there is an association between the presence of polymorphisms in the LPL gene (rs320, rs285 and rs328) with development of acute ischemic stroke in Colombian population. Methods: In a case control design, 133 acute ischemic stroke patients (clinical diagnosis and x-ray CT) and 269 subjects without stroke as controls were studied. PCR -RFLP technique was used to detect rs320, rs285 and rs328 polymorphisms in the LPL gene. Results: In the present research was not found any association between any of the LPL gene polymorphism and acute ischemic stroke in the population studied; the allele and genotypic frequencies of the studied polymorphisms were similar in cases and controls and followed the Hardy-Weinberg equilibrium. The study was approved by the IRB and each subject signed the informed consent. Conclusion: LPL gene polymorphisms are not genetic markers for the development of stroke in the Colombian sample used.

Resumen Objetivo: Determinar la asociación entre los polimorfismos en el gen LPL (rs320, rs285 y rs328), y la enfermedad cerebrovascular isquémica aguda en una muestra de población colombiana. Métodos: A partir de un diseño de casos y controles, se estudiaron 133 casos con enfermedad cerebrovascular isquémica aguda (diagnóstico clínico y TAC), y 269 controles sin enfermedad cerebrovascular. Se examinó los polimorfismos rs320, rs285 y rs328 en el gen LPL con la técnica PCR-RFLP. Resultados: En el presente estudio no se encontró asociación entre rs320, rs285 y rs328 con la enfermedad cerebrovascular isquémica aguda en la muestra analizada; siendo las frecuencias alélicas y genotípicas de los polimorfismos similares entre casos y controles, y se encontró en equilibrio de Hardy-Weinberg. El estudio fue avalado por el comité de ética de las instituciones vinculadas y todos los pacientes dieron consentimiento informado. Conclusión: Los polimorfismos en el gen de la LPL no tienen utilidad como marcadores genéticos asociados con la presentación de la enfermedad cerebrovascular isquémica aguda en la muestra analizada.

Genetic variants associated with fetal hemoglobin levels show the diverse ethnic origin in Colombian patients with sickle cell anemia / Las variantes genéticas asociadas con niveles de hemoglobina fetal señalan diversos orígenes étnicos en pacientes colombianos con anemia falciforme.

Introduction: Fetal hemoglobin is an important factor in modulating the severity of sickle cell anemia. Its level in peripheral blood underlies strong genetic determination. Associated loci with increased levels of fetal hemoglobin display population-specific allele frequencies. Objective: We investigated the presence and effect of known common genetic variants promoting fetal hemoglobin persistence (rs11886868, rs9399137, rs4895441, and rs7482144) in 60 Colombian patients with sickle cell anemia. Materials and methods: Four single nucleotide polymorphisms (SNP) were genotyped by restriction fragment length polymorphisms (RFLP) and the use of the TaqMan procedure. Fetal hemoglobin (HbF) from these patients was quantified using the oxyhemoglobin alkaline denaturation technique. Genotype frequencies were compared with frequencies reported in global reference populations. Results: We detected genetic variants in the four SNPs, reported to be associated with higher HbF levels for all four SNPs in the Colombian patients. Genetic association between SNPs and HbF levels did not reach statistical significance. The frequency of these variants reflected the specific ethnic make-up of our patient population: A high prevalence of rs7482144-'A' reflects the West-African origin of the sickle cell mutation, while high frequencies of rs4895441-'G' and rs11886868-'C' point to a significant influence of an Amerindian ethnic background in the Colombian sickle cell disease population. Conclusion: These results showed that in the sickle cell disease population in Colombia there is not a unique genetic background, but two (African and Amerindian). This unique genetic situation will provide opportunities for a further study of these loci, such as fine-mapping and molecular-biological investigation. Colombian patients are expected to yield a distinctive insight into the effect of modifier loci in sickle cell disease.

Introducción. La hemoglobina fetal es un importante factor modulador de la gravedad de la anemia falciforme, cuya expresión está muy condicionada por el factor genético. Los loci asociados con el incremento de la hemoglobina fetal pueden presentar frecuencias alélicas específicas para cada población. Objetivo. Investigar la presencia y el efecto de las variantes genéticas rs11886868, rs9399137, rs4895441 y rs7482144 asociadas con la persistencia de hemoglobina fetal, en 60 pacientes colombianos con anemia falciforme. Materiales y métodos. Se hizo la genotipificación de los polimorfismos de nucleótido simple ( Single Nucleotide Polymorphisms, SNP) mediante la técnica de polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción ( Restriction Fragment Length Polymorphisms, RFLP) y el procedimiento TaqMan. La hemoglobina fetal (HbF) se cuantificó utilizando la técnica de desnaturalización alcalina de la oxihemoglobina. Las frecuencias genotípicas se compararon con las reportadas en poblaciones de referencia global. Resultados. Se observaron variantes genéticas ya reportadas para aumento de HbF en los cuatro SNP. La asociación genética entre los SNP y el incremento de la HbF no alcanzó significancia estadística. La frecuencia de estos alelos reflejó la siguiente composición específica en esta muestra de pacientes colombianos: una gran prevalencia de rs7482144-'A', lo que indica que el origen de la mutación para la anemia falciforme es África occidental, y una gran frecuencia de rs4895441-'G' y rs11886868-'C', lo que denota la influencia significativa del origen genético amerindio. Conclusión. Los resultados evidenciaron que la población con anemia falciforme de Colombia no tiene un único origen genético, sino que existen dos (africano y amerindio). Esta situación genética única ofrece la oportunidad de llevar a cabo un estudio más amplio de estos loci a nivel molecular. Se espera que el estudio de pacientes colombianos permita una visión diferente del efecto de los loci modificadores en esta enfermedad.

Predisposición genética y síndrome de distrés respiratorio agudo pediátrico: nuevas herramientas de estudio genético / Genetic predisposition and Pediatric Acute Respiratory Distress Syndrome: New tools for genetic study

El síndrome de distrés respiratorio agudo (SDRA) es la forma más grave de falla respiratoria. Teóricamente, cualquier noxa pulmonar aguda puede resultar en un SDRA, pero solo un pequeño porcentaje de individuos desarrolla la enfermedad. Sobre este fundamento, factores genéticos han sido implicados en el riesgo de desarrollar SDRA. Basado en la fisiopatología de esta enfermedad, múltiples genes candidatos han sido evaluados como potenciales modificadores, tanto en pacientes como en modelos animales de SDRA. Datos experimentales y estudios clínicos recientes sugieren que variantes de genes implicados en procesos clave de daño tisular, celular y molecular pulmonar pueden influir en la predisposición y el pronóstico del SDRA. Sin embargo, la patogénesis del SDRA pediátrico es compleja y, en consecuencia, es posible anticipar que muchos genes pueden contribuir a ella. Variantes genéticas, tales como polimorfismos de nucleótido simple y variantes del número de copias, están probablemente asociadas con la predisposición al SDRA en niños con lesión pulmonar primaria. El estudio de asociación del genoma completo (GWAS, del inglés Genome-Wide Association Study) puede examinar estas variantes sin sesgos y ayudar a identificar nuevos genes fundamentales y vías patogénicas clave para futuros análisis. Esta aproximación también puede tener implicancias clínicas diagnósticas y terapéuticas, como predecir el riesgo del paciente o desarrollar un enfoque terapéutico personalizado para este grave síndrome.

Acute respiratory distress syndrome (ARDS) is the most severe form of respiratory failure. Theoretically, any acute lung condition can lead to ARDS, but only a small percentage of individuals actually develop the disease. On this basis, genetic factors have been implicated in the risk of developing ARDS. Based on the pathophysiology of this disease, many candidate genes have been evaluated as potential modifiers in patient, as well as in animal models, of ARDS. Recent experimental data and clinical studies suggest that variations of genes involved in key processes of tissue, cellular and molecular lung damage may influence susceptibility and prognosis of ARDS. However, the pathogenesis of pediatric ARDS is complex, and therefore, it can be expected that many genes might contribute. Genetic variations such as single nucleotide polymorphisms and copy-number variations are likely associated with susceptibility to ARDS in children with primary lung injury. Genome-wide association (GWA) studies can objectively examine these variations, and help identify important new genes and pathogenetic pathways for future analysis. This approach might also have diagnostic and therapeutic implications, such as predicting patient risk or developing a personalized therapeutic approach to this serious syndrome.

ATM polymorphisms IVS24-9delT, IVS38-8T>C, and 5557G>A in Mexican women with familial and/or early-onset breast cancer / Polimorfismos IVS24-9delT, IVS38-8T>C y 5557G>A en el gen ATM en mujeres mexicanas con cáncer de mama familiar o de inicio temprano

Objective. To assess whether in Mexican population the frequencies of ATM polymorphisms IVS24-9delT, IVS38-8-T>C, and 5557G>A in breast cancer (BC) cases and healthy controls were different from those found in other countries. Materials and methods. Frequencies of polymorphisms conferring BC risk IVS24-9delT, IVS38-8T>C, and 5557G>A were analyzed by PCR-RFLP in 94 patients with familial and/or early onset BC, and 97 healthy controls randomly selected. Allele frequencies analysis was done using χ² and Hardy-Weinberg test. Results. Frequencies of heterozygous were: for 5557G>A, 13% cases, 0%controls (p=0.0009); for IVS24-9delT, 21% cases, 8% controls (p=0.0122); for IVS38-8T>C, only one case. 5557G>A and IVS24-9delT were more frequent in cases than in controls. The allelic frequencies found in 5557G>A are similar to those described by González-Hormazábal in Chile. Conclusion. The similarity of results in this polymorphism between Chilean and Mexican populations may be due to both being crossbred with an Amerindian-Spanish component, while differences may be due to fact that Chilean population has a greater European component than Mexican's.

Objetivo. Evaluar si en la población mexicana las frecuencias de los polimorfismos IVS-9delT, IVS38-8T>C y 5557G>A en casos de cáncer de mama y en controles sanos son diferentes de las encontradas en otros países. Material y métodos. Los polimorfismos IVS24-9delT, IVS38-8T>C y 5557G>A fueron analizados mediante PCR-RFLPs en 94 pacientes con CM de tipo familiar o de inicio temprano y 97 testigos seleccionadas de forma aleatoria. El análisis de la frecuencia alélica se hizo mediante χ² y equilibrio de Hardy-Weinberg. Resultados. Las frecuencias de heterocigotos fueron 5557G>A, 13% de casos, 0% de testigos (p=0.0009); IVS24-9delT, 21% de casos, 8% de testigos (p=0.0l22); IVS38-8T>C, sólo un caso. 5557G>A y IVS24-9delT fueron más frecuentes en casos que en testigos. Las frecuencias alélicas encontradas en 5557G>A son similares a las descritas por González-Hormazábal en Chile. Conclusión. La similitud de resultados en este polimorfismo entre la población chilena y mexicana puede ser debida a que ambas son mestizas con un componente amerindio-español. Las diferencias encontradas podrían explicarse porque la población chilena tiene mayor componente europeo que la mexicana.

Polimorfismos genéticos del proto-oncogén RET asociados con la enfermedad de Hirschsprung en niños ecuatorianos / Genetic polymorphisms in the RET proto-oncogene associated with Hirschsprung's disease in Ecuadorian children

Contexto La enfermedad de Hirschsprung es un desorden congénito caracterizado por la ausencia de células ganglionares en una porción variable del tracto gastrointestinal. Está causada por defectos en la migración de las células del sistema nervioso entérico durante el desarrollo embrionario. Actualmente se sabe el proto-oncogén RET es el principal gen involucrado en la patogénesis de Hirschsprung. Objetivo Determinar la asociación entre los polimorfismos de nucleótido simple (SNP) presentes en los exones 2, 7 y 15 e intrón 1 del gen RET y la enfermedad de Hirschsprung en niños ecuatorianos. Diseño Estudio caso-control. Lugar y sujetos 41 casos con enfermedad de Hirschsprung y 41 controles procedentes del Hospital Pediátrico Baca Ortiz de la ciudad de Quito y del Hospital de Machachi (Área de Salud N° 16). Mediciones principales Análisis de los polimorfismos de nucleótido simple en los exones 2, 7, 15 e intrón 1 del gen RET, mediante las técnicas PCR-RFLP y secuenciación directa. Resultados El polimorfismo A45A (c135 G>A, exón 2) se asoció significativamente con la enfermedad de Hirschsprung (OR=11.2; IC95%=1.61­78.5; p=0.02). Los polimorfismos A432A (c1296G>A, exón 7) y S904S (c2712C>G, exón 15) mostraron tendencias sugestivas de un papel protector en la patogénesis de la enfermedad (OR=0.05; IC95%=0.01­0.25 y OR=0.13; IC95%=0.01­1.28, respectivamente). No se observó una asociación con el polimorfismo IVS1+1813 C>T (OR=4.16; IC95%=0.88­19.5). Conclusión Los polimorfismos estudiados del proto-oncogén RET desempeñan un papel importante en la etiología de la enfermedad de Hirschsprung en la población ecuatoriana.

Context Hirschsprung's disease is a congenital disorder characterized by the absence of ganglion cells in a variable portion of the gastrointestinal tract. It´s caused by defects in the migration of cells of the enteric nervous system during embryonic development. Nowadays the RET proto-oncogene is recognized as a major gene involved in the pathogenesis of Hirschsprung. Objective To determine the association between single nucleotide polymorphisms of the RET gene and Hirschsprung's disease in Ecuadorian children. Design Case control study. Subjects and setting 41 cases with Hirschsprung's disease and 41 controls from Children's Hospital "Baca Ortiz" and Hospital Machachi. Main measurements Analysis of single nucleotide polymorphisms in exons 2, 7, 15 and intron 1 of the RET gene by PCR-RFLP techniques and direct sequencing. Results A45A polymorphism (C135 G> A, exon 2) was significantly associated with Hirschsprung´s disease (OR=11.2; 95%CI=1.61­78.5; p=0.02). Polymorphism A432A (c1296G>A, exon 7) and S904S (c2712C>G, exon 15) showed trends of a protective role in the pathogenesis of the disease (OR= 0.05; 95%CI=0.01­0.25 and OR=0.13; 95%CI=0.01­1.28, respectively). There was no association with polymorphism IVS1 +1813 C>T (OR=4.16; 95%CI=0.88­19.5). Conclusion The studied polymorphisms confirm that the RET proto-oncogene plays an important role in the etiology of Hirschsprung in the Ecuadorian population.

Polimorfismos de nucleótido simple en moléculas de adhesión y parámetros clínicos en artritis reumatoide / Single nucleotid polymorphisms of adhesion molecules and clinical parameters in rheumatoid arthritis

Se investigó la relación entre los polimorfismos de E-selectina, la molécula de adhesión vascular-1 (VCAM1) y la molécula de adhesión intercelular-1 (ICAM1) con el perfil de lípidos y marcadores clínicos de inflamación en artritis reumatoide (AR). Se incluyeron 60 pacientes con AR clasificados de acuerdo a los criterios del American College of Rheumatology (ACR, 1987) y 60 controles clínicamente sanos (CCS), no relacionados entre sí, definidos como población de mestizos mexicanos. Los genotipos se caracterizaron por la técnica de PCR-RFLP. La velocidad de sedimentación globular (VSG), factor reumatoideo (FR), concentración de fibrinógeno (FB), proteína C reactiva (PCR) y perfil de lípidos, se realizaron por métodos convencionales. El análisis estadístico se efectuó con SPSS v10.0. La VSG correlacionó con PCR, FR, FB y cHDL, (r=0,507; 0,296; 0,475 y -0,308, respectivamente); PCR con FB (r=0,613), p<0,05. El alelo 1238G se asoció con FR y Apo-B; y el alelo 721A, con cHDL y cLDL (p<0,05). Los datos muestran que los niveles de FB, cHDL, y los alelos 721A de ICAM1 y 1238G de VCAM1 se asocian con los marcadores clínicos de inflamación. Existen diferencias entre la distribución de los polimorfismos en este estudio y las reportadas para población oriental, caucásica y turca.

The genotypes were characterized using the polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphisms (PCR-RFLP) technique. The ESR (erythrocyte sedimentation rate), RF (rheumatoid factor), fibrinogen (FB), C-reactive protein (CRP) and lipid profile were measured by routine methods. Statistical analysis was performed using SPSS v10.0. The significant Pearson´s correlations were: ESR with CRP, RF, FB and HDLc, (r=0.507, 0.296, 0.475, and -0.308, respectively); CRP with FB (r=0.613), p<0.05. The results showed an association with A allele of ICAM1 polymorphism and serum levels of HDLc and LDLc; and Apo-B and FR showed an association with C allele of VCAM1 polymorphism (p<0.05). Data shows that FB and HDLc levels, and ICAM1 polymorphism allele 721A and VCAM1 polymorphism allele 1238G are associated with clinical inflammation markers in RA. Our Mexican-mestizo population showed differences with many reports (from English, American, Turkish, Japanese, Chinese, Italian, and Korean populations).